طورت دراسة جديدة بروتوكول تسلسل باستخدام تقنية Oxford Nanopore (ONT)، لمعالجة القيود الحرجة في طرق التشخيص الحالية لفيروس التهاب الكبد B (HBV). لا تزال العدوى المزمنة بـ HBV تشكل مصدر قلق كبير للصحة العامة، لا سيما في أفريقيا، حيث العبء كبير. يتم تصنيف HBV إلى عشرة أنماط وراثية مميزة فيلوجينيًا (A–J)، وغالبًا ما تفشل الاختبارات التشخيصية الحالية في تقديم رؤى جينية شاملة.
الطرق القياسية، مثل تسلسل الجينوم الكامل أو التهجين العكسي، لديها قيود متأصلة. عادةً ما يركز التسلسل التشخيصي، الذي غالبًا ما يستخدم طريقة سانغر، فقط على الجين S، مما يوفر معلومات محدودة حول التنوع الجيني داخل المريض لفيروس HBV. في حين أن التهجين العكسي يكتشف فقط الطفرات المعروفة الخاصة بالأنماط الجينية. للتغلب على هذه التحديات، يوفر هذا البروتوكول القائم على تقنية ONT تسلسلات الجينوم الكاملة وبيانات مفصلة عن التنوع داخل المريض.
يتضمن البروتوكول تضخيمًا قائمًا على التجزئة لتسلسلات HBV باستخدام تقنية PCR، وتحضير المكتبات باستخدام مجموعة الترميز السريع ONT، وتسلسل ONT GridION، وأدوات تحليل متقدمة مثل برنامج Genome Detective لتحديد الأنماط الجينية، وبرامج jpHMM وRDP5.61 لتحليل إعادة التركيب، وبرنامج Geno2pheno لتوصيف مقاومة الأدوية. تم التحقق من صحته باستخدام 148 عينة تشخيصية متبقية من مرضى مصابين بـ HBV في مقاطعة كيب الغربية بجنوب إفريقيا، مما أدى إلى توليد جينومات HBV شبه كاملة وعالية الجودة. توفر النتائج رؤى قيمة حول التنوع الجيني لـ HBV، وأحداث إعادة التركيب، والطفرات المقاومة للأدوية.
يمكن للأطباء استخدام هذا البروتوكول لتحسين نتائج العلاج من خلال تحديد الطفرات المرتبطة بمقاومة الأدوية، مما يمكّن من اتخاذ قرارات علاجية مخصصة. يمكن لمسؤولي الصحة العامة الاستفادة من بيانات التسلسل لتتبع انتشار HBV، ومراقبة السلالات الناشئة، وتحسين استراتيجيات التطعيم المصممة خصيصًا للتحديات الإقليمية.
إلى جانب تطبيقاته السريرية والصحية العامة، فإن تكلفة البروتوكول المنخفضة وسهولة استخدامه تجعله مثاليًا للمختبرات ذات الموارد المحدودة. يمكن أن يصبح التسلسل عالي الإنتاجية لجينومات HBV ممارسة روتينية، مما يعزز القدرات التشخيصية ويحسن رعاية المرضى.
من خلال دمج الأبحاث الجينومية المتقدمة مع التطبيقات العملية، يُظهر هذا البروتوكول القائم على ONT كيف يمكن للابتكار أن يؤثر بشكل مباشر على الرعاية الصحية وإدارة الأمراض. إن قدرته على تحسين التشخيصات، وتوجيه العلاجات، ودعم استراتيجيات الصحة العامة تمثل تقدمًا كبيرًا في مكافحة HBV عالميًا.
منشور الوصول المفتوح: https://www.mdpi.com/1422-0067/25/21/11702
