Une nouvelle étude a développé un protocole de séquençage utilisant la technologie Oxford Nanopore (ONT), répondant aux limitations critiques des méthodes de diagnostic actuelles pour le virus de l'hépatite B (VHB). L'infection chronique par le VHB reste un problème de santé publique majeur, en particulier en Afrique, où le fardeau est considérable. Le VHB est classé en dix génotypes distincts sur le plan phylogénétique (A–J), et les tests diagnostiques existants ne parviennent souvent pas à fournir des informations génétiques complètes.
Les méthodes standard, telles que le séquençage du génome complet ou l'hybridation inverse, présentent des limitations inhérentes. Le séquençage diagnostique, souvent basé sur la méthode Sanger, se concentre généralement uniquement sur le gène S, offrant des informations limitées sur la diversité génétique intra-patient du VHB. Pendant ce temps, l'hybridation inverse ne détecte que les mutations spécifiques de génotype connues. Pour surmonter ces défis, ce protocole basé sur ONT fournit des séquences génomiques complètes et des données détaillées sur la diversité intra-patient.
Le protocole implique une amplification PCR basée sur le carrelage des séquences du VHB, une préparation de bibliothèque utilisant le kit de codage rapide ONT, le séquençage ONT GridION, et des outils d'analyse avancés tels que le logiciel Genome Detective pour le génotypage, les logiciels jpHMM et RDP5.61 pour l'analyse de la recombinaison, et Geno2pheno pour le profilage de la résistance aux médicaments. Il a été validé sur 148 échantillons diagnostiques résiduels de patients infectés par le VHB dans la province du Cap-Occidental en Afrique du Sud, générant des génomes de VHB quasi complets de haute qualité. Les résultats fournissent des informations précieuses sur la diversité génétique du VHB, les événements de recombinaison et les mutations de résistance aux médicaments.
Les cliniciens peuvent utiliser ce protocole pour améliorer les résultats des traitements en identifiant les mutations associées à la résistance aux médicaments, permettant ainsi de prendre des décisions thérapeutiques personnalisées. Les responsables de la santé publique peuvent exploiter les données de séquençage pour suivre la propagation du VHB, surveiller l'émergence de nouvelles souches et affiner les stratégies de vaccination adaptées aux défis régionaux.
Au-delà de ses applications cliniques et de santé publique, l’accessibilité financière et la simplicité d’utilisation de ce protocole le rendent idéal pour les laboratoires disposant de ressources limitées. Le séquençage à haut débit des génomes du VHB peut devenir une pratique courante, améliorant les capacités diagnostiques et les soins aux patients.
En intégrant la recherche génomique de pointe à des applications pratiques, ce protocole de séquençage basé sur ONT illustre comment l'innovation peut avoir un impact direct sur les soins de santé et la gestion des maladies. Son potentiel pour améliorer les diagnostics, orienter les traitements et soutenir les stratégies de santé publique représente une avancée significative dans la lutte contre le VHB à l'échelle mondiale.
Publication en Accès Libre : https://www.mdpi.com/1422-0067/25/21/11702
