Um novo estudo desenvolveu um protocolo de sequenciamento utilizando a tecnologia Oxford Nanopore (ONT), abordando limitações críticas nos métodos de diagnóstico atuais para o vírus da hepatite B (HBV). A infecção crônica por HBV continua sendo uma preocupação significativa de saúde pública, particularmente na África, onde o ônus é substancial. O HBV é classificado em dez genótipos distintos filogeneticamente (A–J), e os testes diagnósticos existentes frequentemente falham em fornecer informações genéticas abrangentes.
Métodos padrão, como o sequenciamento do genoma completo ou a hibridização reversa, possuem limitações inerentes. O sequenciamento diagnóstico, frequentemente utilizando o método de Sanger, normalmente se concentra apenas no gene S, oferecendo informações limitadas sobre a diversidade genética intra-paciente do HBV. Enquanto isso, a hibridização reversa detecta apenas mutações específicas de genótipos conhecidas. Para superar esses desafios, este protocolo baseado em ONT fornece sequências genômicas completas e dados detalhados de diversidade intra-paciente.
O protocolo envolve a amplificação por PCR em mosaico de sequências do HBV, preparação de biblioteca utilizando o Kit de Codificação Rápida da ONT, sequenciamento ONT GridION e ferramentas avançadas de análise, como o software Genome Detective para genotipagem, os softwares jpHMM e RDP5.61 para análise de recombinação e o Geno2pheno para o perfil de resistência a medicamentos. Foi validado em 148 amostras diagnósticas residuais de pacientes infectados por HBV na província de Western Cape, na África do Sul, gerando genomas de HBV quase completos e de alta qualidade. Os achados fornecem insights valiosos sobre a diversidade genética do HBV, eventos de recombinação e mutações de resistência a medicamentos.
Os clínicos podem usar este protocolo para melhorar os resultados do tratamento, identificando mutações associadas à resistência a medicamentos, permitindo decisões terapêuticas personalizadas. Os responsáveis pela saúde pública podem aproveitar os dados de sequenciamento para rastrear a disseminação do HBV, monitorar novas cepas emergentes e refinar estratégias de vacinação adaptadas aos desafios regionais.
Além de suas aplicações clínicas e de saúde pública, a acessibilidade e facilidade de uso do protocolo o tornam ideal para laboratórios com recursos limitados. O sequenciamento de alta capacidade dos genomas do HBV pode se tornar rotina, aprimorando as capacidades diagnósticas e melhorando o cuidado aos pacientes.
Ao integrar pesquisas genômicas de ponta com aplicações práticas, este protocolo de sequenciamento baseado em ONT exemplifica como a inovação pode impactar diretamente os cuidados de saúde e o manejo de doenças. Seu potencial para aprimorar diagnósticos, informar tratamentos e apoiar estratégias de saúde pública marca um avanço significativo no combate ao HBV globalmente.
Publicação de Acesso Aberto: https://www.mdpi.com/1422-0067/25/21/11702
